У Вас есть большая нагрузка на сервере?
Вы проверили если Вы исчерпывающий какие-либо системные ресурсы? Пакет sysstat является потрясающим способом контролировать Ваши системные ресурсы.
Сервер, оказывается, "размораживается" через некоторое время, или он заблокирован вниз полностью, пока Вы не перезапускаете его?
Я в настоящее время вижу подобное поведение на своем собственном сервере время от времени, поэтому я хотел бы знать больше, как Ваша проблема теряет значение, прямо сейчас это имеет много общих черт.
Походит на проблему сетевого соединения. Вы устранили аппаратные средства из объема, и весь сервер недоступен, который вряд ли будет системной проблемой без того, чтобы размышлять над некоторым уровнем в журналах. Если бы сервер не перезагружает или не имеет проблемы в журналах, которые повлияли бы на все, внимание на сеть.
Локальный диск или SAN/NAS для папок данных MySQL? Я видел подобный, необъяснимый, поведение, когда/var/lib/mysql смонтирован на цели iSCSI и Вы превышаете буфер ПАЛЬЦА НОГИ во время большого индекса recalcs.