Журнал изменений для Ubuntu 10.04.01 здесь:
https://wiki.ubuntu.com/LucidLynx/ReleaseNotes/ChangeSummary/10.04.1
Было множество изменений темы. Были также аппаратные обновления, таким образом, Compiz, например, возможно, включили в одной установке а не другом. Проверьте журнал изменений для специфических особенностей того, что изменилось, и посмотрите, совпадает ли он с тем, что Вы видите.
Править: Различие между 10,4 и 10.4.1 применяется, прежде всего, к тому, какие пакеты установлены (в дополнение к изменениям установщика на изображениях). Разъясниться, устанавливая 10.4 и обновляя до тех же версий как 10.4.1 даст Вам те же версии программ, НО конфигурационные файлы будут, скорее всего, отличаться. Дать пример:
10.4: Background is set to red.
10.4.1: Background is set to blue.
10.4 + updates: Background is set to red.
Это относится ко всем изменениям, внесенным или пользователем или начальными параметрами конфигурации по умолчанию для каждого пакета.