HeidiSQL (его свободное) может экспортировать таблицы и т.д. из MySQL. Необходимо было бы просто переделать создать последовательность в текстовом редакторе после, чтобы удостовериться, что у Вас есть соответствующее, создают последовательность для SQL Server.
Вы могли проверить, что это настроено правильно: http://technet.microsoft.com/en-us/library/bb676368.aspx
С другой стороны, можно включить трассировку сообщения: http://technet.microsoft.com/en-us/library/aa997984.aspx и фигура, где/почему не работа.