Большое количество учетных записей пользователя Windows

И также каков стандартный способ, которым веб-хосты делают это?

Они используют активный каталог ;) And ofllow, guideliney, сформулированный Microsoft для хостинга операций (проверьте http://www.iis.net/). И они лицензируют на SPLA, btw, который является законным требованием.

Никакое влияние затем. AD масштабируется довольно приятно.