Можно сказать Apache слушать только на определенном дюйм/с в httpd.conf файле. Значение по умолчанию, вероятно,
Listen 80
Измените его на
Listen XXX:80
Где XXX первый IP, Вы хотите, чтобы апач послушал на.
Можно затем настроить nginx для слушания на другом IP
listen YYY:80
С другой стороны, Вы могли настроить Apache для использования mod_proxy, чтобы сделать обратный прокси так, чтобы определенные домены передали localhost:3000 и использовали nginx сервер. Но я думаю, что вышеупомянутое решение лучше, потому что оно добавляет меньше сложности к системе.
Обратите внимание, что Вы могли бы бороться с cPanel на изменении, потому что это будет иметь тенденцию переписывать тот файл, когда это будет обновлено, или Вы вносите изменения в домены.
Это звучит мне как, Вы спрашиваете, влияет ли версия phpadmin, который Вы используете для управления базой данных, на версию, Вы используете для запуска приложения. Это не делает. Версия PHP, который Вы используете для своего приложения и phpmyadmin, не должна соответствовать.