Если Ваш разговор о различии между использованием, Со знаком и Сам Расписанный https затем Вы, мог бы хотеть проверить эту статью Signed по сравнению с Самоподписанными Сертификатами в основном в этом контексте о заверении пользователя.
Согласно документации HideFiles, HideFiles только дает файлам "скрытость", он на самом деле не скрывает их. Для сокрытия их необходимо использовать IgnoreHidden в Предельном блоке. Так, попробуйте это:
<Directory /home/ftp_user/my_project>
HideFiles ^\.svn$
<Limit ALL>
AllowUser ftp_user
IgnoreHidden on
</Limit>
</Directory>
Должен использоваться каталог /
<Directory />
# Enable hiding data based on user, group, and files the logged
# in user would have no access to.
HideNoAccess on
HideUser on
HideGroup on
# Hide files in the parent directories.
HideFiles (^\..*)
<Limit ALL>
IgnoreHidden on
</Limit>
</Directory>