То, что Вы могли сделать, использовать Диспетчер пользователей IIS, необходимо создать отдельных пользователей в Диспетчере пользователей IIS, чем Вы предоставляете каждому из них авторизацию и доступ к FTP-сайту. Можно также предоставить каждому пользователю свой собственный корневой каталог и изолировать каждого.