Можно сделать замены пути для изменения директоров при помощи 2 args с cd
:
$ pwd
/foo/bar/blah
$ cd bar bat
/foo/bat/blah
Оказывается, что эта проблема была вызвана неисправным localhost брандмауэром. клиенты mysql смогли соединиться первоначально (или устанавливать некоторые связи), но последующие пакеты игнорировались.
Я все еще пытаюсь выяснить об открытых файлах, но та проблема ушла.