Вы загружаете iptables конфигурационный файл с помощью iptables-восстановления
iptables-restore thefile.dat
Это сразу имеет эффект. Однако для этого настройки, чтобы быть персистентными по системной перезагрузке они должны быть сохранены. На большинстве дистрибутивов это может быть, покончили.
/etc/init.d/iptables save
Как упомянуто в других ответах конфигурация может быть сохранена с помощью
iptables-save > thesavefile.dat
Сам файл является текстовым файлом и может быть отредактирован с любым текстовым редактором и затем перезагружен в iptables использование команды iptables-восстановления.