Можно позволить MySQL Slow Query Log видеть, есть ли у Вас какие-либо исчерпывающие запросы, работающие на сервере, по умолчанию это зарегистрирует любой запрос, который занимает больше времени, чем 1 секунда для выполнения.
Также профилировщик MySQL должен быть полезным для определения то, что вызывает большую нагрузку на сервере.
По всей вероятности у Вас есть много 'дорогих' запросов - как полные сканирования таблицы. Данные, вероятно, умещаются в памяти, но CPU занят, уплотняя его содержание. Попробуйте предложенный вход медленного запроса, и использование объясняют команду для понимания то, что точно mysql делает с теми запросами.
проверьте эту презентацию. Попробуйте следующие аналитические инструменты журнала: