Установщик Windows может породить несколько экземпляров msiexec.exe по нескольким причинам.
В первую очередь, функции Windows Installer последовательность пользовательского интерфейса (который может быть пропущен путем выполнения установки тихо), и последовательность установки. Эти две таблицы для этих последовательностей называют InstallUISequence и InstallExecuteSequence соответственно. Из-за пути Windows Installer позволяет "поднятые права" во время установки, InstallExecuteSequence будет работать как Системная учетная запись. Другими словами, при запуске установки в режиме GUI и удара установки тот путь Вы будете обычно видеть два процесса msiexec.exe.
Кроме того, файлы MSI могут запустить пользовательские действия - некоторые из которых могут породить новые процессы (EXE-файлы). Эти действия могут инициировать дальнейшие процессы msiexec.exe для разоблачения в диспетчере задач.
У Aaron Stebner есть лучшее объяснение здесь: http://blogs.msdn.com/astebner/archive/2005/03/02/384088.aspx
Еще одна ссылка: https://www.symantec.com/connect/blogs/multiple-msiexec-processes-running-during-installation