Для очистки всех маршрутов используйте:
route -f
Для очистки только персистентных маршрутов Вы могли использовать
reg delete HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\Tcpip\Parameters\PersistentRoutes /va /fно это не удалило бы их из в настоящее время активных маршрутов.
То, в чем Вы нуждаетесь, должно использовать mod_proxy_ajp для Вашей цели.
(Internet)---[Apache]---ajp---[Tomcat]---(JSP)
Существует много примеров о том, как сделать, это и большинство дистрибутивов Linux шли бы с некоторыми стандартными конфигурационными файлами, чтобы помочь Вам начать.