Я решил это путем создания файла под названием "jboss-container.xml" в ejbmodule/META-INF/.
Содержание этого файла:
<container-configurations>
<container-configuration extends="Standard CMP 2.x EntityBean">
<container-name>DeadlockAvoidingConfiguration</container-name>
<instance-cache>org.jboss.ejb.plugins.PerTxEntityInstanceCache</instance-cache>
<locking-policy>org.jboss.ejb.plugins.lock.NoLock</locking-policy>
<commit-option>C</commit-option>
</container-configuration>
</container-configurations>
Я знаю, что это не оптимальное решение (из-за эффекта на кэширование), но это фиксирует ошибки.
Не стесняйтесь добавлять к этому.