Измените существующий logrotate файл на установке пакета

Debian не коснется Вашего conffiles, после того как Вы отредактировали их; можно отредактировать logrotate сценарий lighttpd все, что Вы хотите. Вам можно было бы предложить при обновлениях, если и lighttpd и Вы обновили файл.

Если Вы хотите, чтобы изменения были применены на установку Вашего собственного пакета, отклонили lighttpd conffile в сценариях установки Вашего пакета и установили awstats-осведомленную версию в ее месте. Ищите dpkg-отклоняют.