Загрузка Windows Server поднимается на 100% — возможно из-за php?

Если Ваш процесс может получить какой бы ни из /etc/profile или /etc/bash.bashrc и их соответствующее $HOME файлы, затем это могло бы работать на Вас:

screen -d -m bash  --init-file background-shell-script

Когда "фоновый сценарий оболочки" выйдет, экранная сессия будет находиться, ожидая Вас при приглашении оболочки, когда Вы повторно прикрепляете с screen -r. Если Вы повторно прикрепляете, прежде чем процесс завершен, Вы будете видеть любой вывод, который он создает, как это происходит, и имейте приглашение оболочки, когда он заканчивается.

Для определения источника нормальных файлов запуска добавьте их в начале сценария:

. /etc/profile
# more source statements, if needed
# do your stuff here