Почему Вы не делаете резервное копирование таблицы и испытываете ее?
Некоторые опции первое, что пришло на ум:
Создайте новый столбец с ограничением на уникальность данных, отбросьте первоначальный столбец и сделайте новый Вашим PK.
С другой стороны, составьте новую таблицу с новым PK, копией через все кроме дублирующегося столбца, отбросьте исходную таблицу и переименуйте новое.