Апачский сервер первоначально запущен как корень, он затем создает отдельные потоки, работающие как менее привилегированное (обычно www-данные) пользователь чтобы к содержанию сервера. Основной апачский процесс может записать в те файлы, так как он все еще работает как корень.
Создайте резервную копию своего четвертого раздела и преобразуйте его в расширенный раздел.
Причина, почему можно только добавить четыре основных раздела, имеет отношение к главной загрузочной записи диска. Прочитайте http://en.wikipedia.org/wiki/Disk_partitioning и http://en.wikipedia.org/wiki/Master_boot_record