Вот большая статья MS KB о теме, которая охватывает все потенциальные проблемы производительности: Соображения для настроек "автовыращивания" и "автоуменьшения" в SQL Server
Я никогда не видел, что значение по умолчанию 1 МБ, все же. Я полагаю, что настройка по умолчанию - на самом деле 10%. [Отредактированный на комментарий GregD]
Это дизайном. Для обхождения этого просто создайте реальные каталоги с тем же именем в корне. Клиенты FTP покажут реальные каталоги, но IIS подаст виртуальные.
Вот статья KB для более старых версий IIS, но этот прием также работает на IIS 7: http://support.microsoft.com/kb/247376