nmap может отобразить сети. Можно получить вывод различными путями, xml, например: http://nmap.org/book/man-output.html
Я нашел решение по http://www.winserverkb.com/Uwe/Forum.aspx/windows-2000-active-directory/10198/DsRemoveDsDomainW-error-0x2162. Была старая запись в CN=LostAndFoundConfig, CN=Configuration... содержащем ссылки на субдомен. После удаления этого я мог удалить субдомен из доменов AD и трестов.
Конечно, это не лучший подход, но ищите осиротевший DC в AD Сайтах и Сервисах. Если Вы находите, что это там затем удаляет, это - компонент Настроек NTDS, то удалите сервер, то удалите Сайт и Подсеть для осиротевшего домена (если сайт и подсеть не допустимы для остающегося родительского домена), то удалите домен из AD Доменов и Трестов. Вы будете волновать с некоторой очисткой DNS, чтобы сделать более, чем вероятный и, возможно, должны сделать некоторую очистку с ADSIEdit также.