Выравнивание нагрузки не является, вероятно, лучшим решением. С состоянием сеанса на SQL Server с этой модификацией можно совместно использовать сессию между приложениями. Затем можно сделать веб-сайт по IIS с двумя папками приложения. С простым HttpModule можно переключиться между ними, как Вы хотите.
Согласно Руководству Справочника администратора BIND, перезагрузка перезагружает конфигурационные файлы и зоны. Только. Проверьте, что Вы получаете ответ от корректного сервера имен.