Утилита для проверки целостности зависимости от Windows NTFS ACL/ACE
Да это - поведение по умолчанию для IE и не может быть подавлено. Если это могло, то недобросовестные пользователи могли использовать это для отключения предупреждения для их сайтов фишинга и другого низкого использования.
Единственный способ обойти его состоит в том, чтобы купить действительный сертификат; они являются довольно дешевыми в наше время.
icacls.exe утилита имеет a /verify переключатель, который проверяет на проблемы с Вашим ACLs. Эти две вещи, которые это проверяет, состоят в том, что ACL находится в "канонической форме" и что длина ACL согласовывается с количеством ACE. Я предполагаю, что проверка "канонической формы" поймала бы Вашу проблему.
Это автоматически не восстановит насколько я знаю, но Вы смогли делать некоторые сценарии, чтобы сохранить отломленные имена файлов в файл, затем повторно выполнить icacls против них для восстановления.
icacls поставлется с 2003SP2 + между прочим.