Что база данных должна использовать для прокрутки журналов?

Вы не упоминали, какое распределение Вы используете, но если они установили его через конфетку на основанном на Redhat распределении, можно удалить с:

yum remove mysql-server

Если бы они установили его в своем собственном пространстве пользователя, то Вы просто удалили бы двоичные файлы, которые выполняют сервер. Если бы это находится на Debian/Ubuntu, Вы использовали бы упомянутые искры метода. Я также альтернативно использовал бы:

killall mysqld; killall mysqld_safe