Вы могли попробовать разность ls
:
ls A > a.txt
ls B > B.txt
diff a.txt b.txt
Ни одна команда, но это должно работать.
С другой стороны, можно установить его вручную от оболочки.
crontab-e
/usr/bin/php5/var/www/username/data/www/site.tld/cron.php