Я разрешил это путем явной записи корня документа в условие
RewriteCond /path/to/my/public_html%{REQUEST_FILENAME} !-f RewriteCond /path/to/my/public_html%{REQUEST_FILENAME} !-d
Вы проверили на Windows Events?. Может быть проблема с isapi_redirect.dll, не удающимся читать.