Нормальная техника состоит в том, чтобы создать несколько уровней подкаталогов, если Вы должны сохранить очень большие количества файлов - но не переусердствовали ее, наличие слишком многих каталогов неэффективно также.
Если необходимо сохранить> 32M файлы, просто сломать их последними двумя цифрами идентификатора или чего-то, то Вы получите 100 директоров с файлами, приблизительно равномерно распределенными.
При проверке названного флажка "Удалите это приложение, когда это упадет из объема управления", на политике Установки программного обеспечения это удалит.