Если Вы изменяете имя хоста в файле /etc/hostname, изменение сохранится вне перезагрузок.
/etc/hostname
Можно также использовать PSCP от Шпаклевки http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html
Попробуйте scp или rsync. WinSCP является реализацией окон scp.
Я не понял то, под чем Вы подразумеваете, "Я не хочу делать ручную передачу..". Если Вы не хотите использовать FTP, можно подключить к серверу Linux от использования Windows Server WinSCP, который эквивалентен scp от Linux до Linux.