Корневые сертификаты появляются на пути Windows Update, поэтому однако Ваша машина настроена для получения обновлений, то, как Вы получите их. Это могло быть непосредственно от Windows Update через WSUS или другой (пользовательский) сервис обновления.
Трудно сказать наверняка, но я подозревал бы, что во время первого посещения они подаются кодом Java, который устанавливает корректный тип пантомимы. После этого, там вероятно некоторое продолжение кэширования, которое не устанавливает корректный тип пантомимы. Посмотрите, есть ли у Вас какие-либо файлы PDF, плавающие вокруг на диске. Если так, необходимо посмотреть на конфигурацию апача, не код.