Репликация продолжает открываться на базах данных SharePoint

Кто-то должен включать его. Sharepoint только включит репликацию им сам.

Установите трассировку профилировщика для хранимых процедур репликации (я могу получить Вас, некоторые процедуры называют в случае необходимости) видеть, кто выполняет их. Это или включает аудит сервера для осуществления этих процедур.

Вы проверили, не используется ли Сбор данных Изменения? CDC основан на репликации транзакций и также вызвал бы рост журнала, если агент читателя журнала не может поддержать на высоком уровне.