Можно добавить "БЫСТРУЮ" переменную среды через диалоговое окно "Переменных среды" (Мой компьютер> Свойства> Усовершенствованный> Переменные среды).
Можно указать его или как Пользователь Определенная переменная, или как Системная переменная. Обе опции должны сделать это постоянным.
У Вас есть ошибка в Вашей конфигурации Apache.
В Вашем <VirtualHost>
разделите Вас потребность
ScriptAlias /cgi-bin/ "/var/www/vhosts/mysite.com/httpdocs/cgi-bin/"