Если все Ваши сервисы исчезают (FTP, HTTP, и т.д.) затем, Ваша проблема находится на хосте, не с Apache.
Быть VPS является Вами уверенный, что это не интенсивное выполнение процесса и эффективно запирание машина? Проверьте крон на запланированные задания:
crontab-l
Также начните смотреть в своих системных журналах:
/var/log/message и т.д.
Ваше имя пользователя на удаленной машине. вероятно, не "корень", так как учетная запись должна быть заблокирована для remoteaccess.
в зависимости от Вашего дистрибутива Linux Вы создаете учетную запись во время установки. используйте тот. иначе можно добавить пользователя от commandline/gui., но снова он зависит от дистрибутива Linux.