Как сказанный Cornfed, Ваш .php сценарий должен был бы запуститься с #!/usr/bin/php, чтобы это работал.
1) cron.allow/deny файлы только влияют на пользовательскую способность выполнить команду 'crontab', не способность к пользователю иметь crontab. Посмотрите человека crontab.
2) Да, также перечисленный в человеке crontab.
3) Да, любой пользователь мог добавить себя к тому списку. Это является слишком разрешающим. Но в большинстве случаев Вам не нужен этот файл на Debian. От человека crontab: "Для стандартных систем Debian все пользователи могут использовать эту команду".
4) Нет, но я заметил задержку принятия новых команд. См./var/log/daemon (я думаю) для обновления КРОНА, он - внутренние файлы.