вчера вечером мой сервер делал что-то интенсивное с жестким диском
Много дистрибутивов Linux выполняют некоторые ежедневные задания крона рано утром. Индексация жесткого диска для slocate и вращения журнала оба произведет интенсивную активность диска в течение нескольких минут в зависимости от размера Вашего жесткого диска.
Я не уверен, настроена ли Ubuntu, тот же путь, но основанные на Redhat дистрибутивы обычно имеет/etc/cron.daily файл или каталог. Читайте на кроне и как он работает, и посмотрите на файлы в том каталоге.
По моему опыту, наиболее взломанные системы используются для их сетевого соединения, поэтому интенсивная активность диска не является большим индикатором злонамеренного действия.
Если Вы намеренно не удалили cron затем Вам действительно планировали задания крона. Несколько настраиваются различными пакетами как часть их нормального функционирования. Можно найти их в/etc/crontab,/etc/cron.d/,/etc/cron.daily/,/etc/cron.weekly/, и/etc/cron.monthly/.
Это звучит мне как updatedb работал. updatedb находит каждый файл на Вашем сервере и индексирует их для locate использовать, чтобы, ну, в общем, определить местоположение файлов быстро. Проверка через всю файловую систему может требовать времени в зависимости от того, на чем Вы имеете там, и она заставит диск напряженно трудиться в течение того всего времени.