Использовать sudo apt-get install <package name>
команда
Вот список пакетов Java для Ubuntu 9.10 - http://www.ubuntugeek.com/install-java-runtime-environment-jre-in-ubuntu-9-10-karmic.html
Можно использовать wget от ssh для загрузки определенного файла, можно использовать
scp myfile user@host:/path/on/remote/host
Скопировать файл.
От ssh делают
scp user@original_host:/path/to/file .
Скопировать файл от компьютера до cwd
Если Вам не нужна определенная версия Java, я пошел бы с
sudo aptitude install sun-java6-jre
Попробуйте это учебное руководство за ручную установку Среды выполнения Java Sun. Просто необходимо выбрать x64 время выполнения, чем один показанный в снимке экрана.