Неспособность расположить по приоритетам, и работать в многозадачном режиме.
Многие клиенты FTP способны к синхронизирующимся деревьям файла на основе даты модификации или размеров файла. Одним решением был бы FileZilla. На Mac я использую (коммерческую) программу Передача, и я люблю его.
Если бы Вы имеете доступ к серверу через SSH около FTP и хотите использовать командную строку, rsync был бы каноническим решением.
Я пишу крошечную программу, чтобы сделать точно это некоторое время назад. Однако его довольно чувствительное к вариациям в форматах сообщения для различных клиентов и серверов - документы включают ссылки на другие продукты, доступные в то время, которые делают подобное задание.
HTH