Если Ваша проблема вызывается приложением PHP и если Вы записали программное обеспечение сами затем, я рекомендую Вам использовать профилировщика как, например, Быстрого Профилировщика PHP. Если у Вас есть много транзакций базы данных, идущих затем на программное обеспечение как, например, Kontrollbase мог бы помочь Вам находящий проблему там.
Это должно быть заданием крона, потому что:
crontab -l
будучи корнем. Если нет никакого cronjob, Вы могли бы хотеть волноваться.