PHP с FastCGI на IIS6 ведет себя по-другому, чем ISAPI

Это могло возможно быть любое устройство фильтрации на пути между Вашим VM и FTP-сервером. Большинство брандмауэров (включая домашние маршрутизаторы) имеет таблицу состояния, где неактивные сеансы TCP сбрасываются после определенного тайм-аута.

Вы могли изменить NIC VMs на режим моста (вместо NAT) для разбираний в хосте ОС. Затем удостоверьтесь, что Ваш клиент FTP отправляет команды NOOP периодически для хранения канала команды открытым. Существуют брандмауэры, вокруг которых близко передача данных, если они видят, что сеанс команды закрыт. Независимо, если передача данных является неактивным или несущим трафиком...

HTH,
PEra