Nagios Check_hpjd, дающий мне проблемы!

Это действительно похоже на binfmt_misc, и Ваша хостинговая компания, действительно кажется, является немного сумасшедшей :) Но я подозреваю, что они, вероятно, сделали, это для совместимости, делая .php файлы использует php4, и php5 файлы используют php5. Попробуйте php5 расширение. Не должно быть необходимо сделать это для всех файлов на сайте (просто cronjobs и другие вещи, выполненные как задания/сценарии сервера), потому что Ваш веб-сервер будет иметь свою собственную логику/обработчики выполнения.