Действительно ли это - система Debian? Раз так у пользователя, который не работает, может быть слабый ключ.
Посмотрите Wiki Debian для того, как протестировать Ваши ключи.
Если у Вас есть слабый ключ, необходимо будет обновить ssh пакеты в клиентской системе и повторно создать ключи для пользователя с проблемой.
Вот метод, который я использовал.
Как вещь точка необходимо попытаться запустить приложение и удостовериться, что это работает. После того как у Вас есть сайт, загружающийся обычно, можно теперь начать настраивать Пассажирскую конфигурацию. Конфигурация, которую я использую, похожа на это.
# rvm and passenger paths
PassengerRoot /home/deploy/.rvm/gems/ruby-1.9.2-p136/gems/passenger-3.0.2
PassengerRuby /home/deploy/.rvm/wrappers/ruby-1.9.2-p136/ruby
# set max instances
PassengerMaxPoolSize 6
# Always have one instance running
PassengerMinInstances 1
# recyle an instance after 10k requests
PassengerMaxRequests 10000
# check tmp for restarts one request per 10 secs rather than every request
PassengerStatThrottleRate 10
# don't shutdown any of the spawners
RailsFrameworkSpawnerIdleTime 0
RailsAppSpawnerIdleTime 0
Моя конфигурация пытается сохранить активный экземпляр в любом случае и использует немного больше памяти, не закрывая spawners. Вы хотите использовать очень мало поршня, но Вы не хотите для ожидания 15-30 секунд для обслуживания запроса, потому что весь процесс Стойки был завершением работы. Я попробовал бы что-то как следующее в Вашем случае.
PassengerMaxPoolSize 2
PassengerMinInstances 1
PassengerPoolIdleTime 3600
RailsFrameworkSpawnerIdleTime 1800
RailsAppSpawnerIdleTime 600
PassengerStatThrottleRate 10
Если вещи выглядят довольно хорошими, можно начать понижать настройки и видеть, как это работает на Вас.