Попытайтесь объединить эти два списка файлов.
/var/log/apache2/*.log /home/admin/public_html/mywebsite.com/log/*.log{
daily
missingok
rotate 31
compress
delaycompress
notifempty
create 640 root adm
sharedscripts
postrotate
if [ -f "`. /etc/apache2/envvars ; echo ${APACHE_PID_FILE:-/var/run/apache2.pid}`" ]; then
/etc/init.d/apache2 reload > /dev/null
fi
endscript
}