mysqltuner.pl хорош для проверки, что Ваши настройки MySQL настраиваются на Ваше фактическое использование. Если это - большая база данных, и Вы не можете настроить его, чтобы быть достаточно быстрыми (оптимальные типы БД, настройки, аппаратные средства, и т.д.) затем могло бы быть пора рассмотреть установку зеркального отражения.
Получите доступ SSH в поле IPCop и работайте iftop
. Это должно высказать Вам оперативное мнение того, что происходит.
Продвигаясь я рекомендовал бы Вам изучающий часть программного обеспечения под названием Бдительный страж. Это генерирует данные потока, подобные (net|j) потоки, путем наблюдения или pcap файлов или неразборчивого сетевого интерфейса.