попробуйте к повороту "log_slow_queries", это заполняет файл журнала очень быстро и ест журнал ресурсов.
Также попытайтесь узнать, какой из Ваших запросов может быть медленным, потому что они не используют индексы параметром "log-queries-not-using-indexes" (см. mysql руководство).
Можно использовать, "ОБЪЯСНИТЕ ВЫБОР ИЗ...", чтобы запросы узнали, которые не используют индексы или какие индексы могут быть улучшены. Протест: нет не используют слишком много индексов, потому что на ВСТАВКЕ и ОБНОВЛЕНИИ (и УДАЛЯЮТ, конечно) они должны быть обновлены также.
CU, arnep