Ничего себе, это довольно дрянно. Вот то, что я сделал бы...
- Станьте глубоко знакомыми с текущей структурой GPO. Если что-нибудь соберется повредиться, то это будет это.
- Создайте новую структуру в AD, поскольку Вы хотели бы организованный. Создайте OUs и все это, и свяжите корректный GPOS с этим OU.
- Переместите отдельные объекты по одному и протестируйте функциональность, когда Вы идете. Если что-то повреждается, положите обратно его и выясните то, что произошло. Для критических серверов/функций запланируйте его после закрытия для сокращения пользовательского влияния.
- Промывка и повторение.
Я не знаю, существует ли чудодейственное средство, но это - то, как я приблизился бы к нему.
Ссылка