Попробуйте эту ссылку: http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?familyid=7522A683-4CB2-454E-B908-E805E9BD4E28&displaylang=en
Я советовал бы Вам делать выравнивание раздела с diskpart. Diskpart также включен в Windows Preinstallation Environment (WinPE). Можно сделать автоматизированную установку с WinPE 2.0How для установки находящейся в x64 версии Windows Server 2003 при помощи Windows Preinstallation Environment на базе x86
Если Вы хотите измениться, размер дорожки - используют утилиту конфигурации/управления RAID-контроллера, обеспеченную встроенным микропрограммным обеспечением. Это, требуют воссоздания/переформатировать массива и не может быть сделан с помощью gparted или любой другой подобный инструмент.
Разделы на медиа поддерживаемого диска (действительно ли Вы уверены свой контроллер, поддерживаются W2K3? иначе Вам будет нужна дискета с самим дисководом для гибких дисков рекламы драйвера наверняка), может быть создан во время установки Windows Server на ранних шагах. Можно создать оба раздела для ОС и Данных здесь (или создать раздел только для ОС, установить ОС, затем создать раздел Данных с помощью снимка Управления дисками - в позже).
Но я уверен, что созданное использование разделов с gparted совпадет с созданным использованием любого соответствующего программного обеспечения (Acronis, Образец, и т.д.) кроме размера кластера NTFS. Если Вы заботитесь о ТОМ (не размер дорожки RAID, столь указанный в ori. вопросе) - используют gparted, как он позволяет указывать NTFS cluser размер при форматировании раздела NTFS. Установщик W2K3 создаст разделы NTFS с 4K размером кластера NTFS для разделов до 16 ТБ (http://support.microsoft.com/kb/140365)
Новейший gparted имеет хорошую опцию выровнять partioon к границе мебибайт, которая больше затем достаточна для в значительной степени, все - совершает рейд на выравнивание дорожки, новые жесткие диски с 4K секторами, SSD. Так, мой совет состоит в том, чтобы дать ему попытку.