Нет, Вы не можете сказать различие между идентичным содержанием в различных местоположениях и содержанием, подаваемым от того же местоположения, если Вы не пропускаете отладочную информацию (ошибки PHP, выводимые в поток HTML, наиболее распространенный, о котором я могу думать).
Способ сделать это, которое я уже использовал, должно взять проблему по-другому, в Вашем сценарии выполнения можно сделать что-либо, что Вы хотите прежде, чем запустить Ваше приложение, таким образом, Вы могли сделать это:
#!/bin/sh
# backup anything you want
rsync xxxx
exec /path/to/app
и затем:
svc -du /path/to/service
остановил бы приложение и при остановке возьмите резервное копирование и затем перезапустите его.
В то время как это не полностью, что Вы попросили, чтобы это служило той же цели и работам хорошо :)