Хорошо похоже, что основным вопросом был MaxClients, устанавливаемый действительно низко (в 100). Я повысил это до 2000, и все было гладким парусным спортом с тех пор. Спасибо pauska для указания на это.
Описано здесь, как сделать это: Безопасное Содержание в IIS Через Файловую систему ACLs
Необходимо перейти к местоположению в файловой системе, где Вы имеете веб-сайт, главным образом C:\inetpub\ftproot, и удаляете разрешение записи туда. Необходимо сделать это для учетной записи IUSR.
Мы просто даем нашим файлам фиктивное расширение, например, zipx, пока файл копируется. Как только файл будет полностью там, просто отправьте команду FTP, чтобы переименовать его в правильное расширение, например, zip. Теперь ваша другая программа может обработать новый файл.