Могут индексы использовать существующие индексы при создании
Вы создали php5, но Вы did'nt восстановили связующее звено между апачем и php5. Так как Вы используете mod_php5, он перестал работать (логичный).
Вы можете выполнять сценарий PHP благодаря fastcgi (я предполагаю, что Ваш вручную созданный php 5.3.1 в порядке), но так или иначе я рекомендую Вам действовать другим способом.
Это довольно противно для создания программного обеспечения вручную на рабочем сервере. Кроме того, PHP5 является большой частью программного обеспечения, Вы действительно не должны делать этого в целях безопасности и обслуживании.
Корректный способ достигнуть этого при реальной необходимости в той версии состоит в том, чтобы бэкпортировать пакет. (да, упаковывая!)
Требуется немного упаковочного знания и время. Можно получить упаковочные источники с: apt-get source php5, если у Вас есть deb-src источник в/etc/apt/sources.list
При восстановлении индекса, он может использовать свои собственные данные для восстановления от, или он может использовать данные из базовой таблицы (или кластерный индекс, если таблица имеет кластерный индекс). Это не будет использовать данные из другого некластерного индекса.