5% (iirc) пространства резервируются для корня, могла бы быть Ваша файловая система, "полно" для обычных пользователей. Можно получить больше информации с, например.
tune2fs-l/dev/sda1
Это кажется, что DLL AspNetComet не доступен Вашему приложению. Удостоверьтесь, что они были загружены на / папку мусорного ведра, и если это не корень сайта, удостоверьтесь, что папка, размещающая web.config, отмечена как приложение.