Отключенная Индексация Каталога Apache, не примененная рекурсивно, является моей конфигурацией или понимающий по ошибке?

Ваши настройки являются правильными, который должен работать как Вы ожидаемый. Возможно, Вы являетесь переопределяющими Options -Indexes где-нибудь глубже в Вашем дереве каталогов или в другом vHost, например.

Должна быть одна команда, которая управляет всеми!

В зависимости от ОС затем httpd.conf или другого файла конфигурации должен просто иметь "Опции Весь FollowSymLinks MultiViews" вместо "Опций Весь Индексный FollowSymLinks MultiViews".

Я думаю, возможно, что Вы ищете неправильную терминологию (это хитро в лучшем случае). Это отнесено в "Список Каталогов" в противоположность "Индексации".