Если Вы являетесь объектом приблизительно 80%-го использования, не волнуйтесь, просто дефрагментируйтесь.
Когда это начнет быть рядом с 100%, любая файловая система начнет замедляться.
Я полагаю, что Microsoft имела Вас в виду, когда они создали MOSS 2010. Проверьте следующий сценарий.
http://technet.microsoft.com/en-us/library/ff645391.aspx
