Ваши Файлы журнала InnoDB (ib_logfile0 и ib_logfile1) измерены правильно?
Они должны быть 25% Пула буферов InnoDB
В Вашем случае, который был бы 224M
Вы можете он их следующим образом:
Необходимо сохранить значение по умолчанию для innodb_flush_method для обеспечения соответствия ACID. Иначе Вы могли проиграть до одной секундной ценности транзакций.
ПРОТЕСТ: Если Ваш сервер БД выделен только к базе данных, необходимо зарезервировать 75-80% или RAM для innodb_buffer_pool.
ОБНОВЛЕНИЕ
Вы определенно захотите изменить свое расположение InnoDB!!!!
Необходимо повысить innodb_open_files до 6 000
Необходимо включить innodb_file_per_table
Необходимо реструктурировать все Данные InnoDB для нахождения в отдельных табличных областях